莊晚芳是我國茶樹栽培學科的奠基人之一，他重視并善于總結群眾豐富的茶樹栽培經驗，主持并參加茶樹栽培基礎理論研究。1956年，他編著的《茶作學》，是我國現代茶樹栽培學的一本重要專著，既系統(tǒng)總結了我國茶農的寶貴經驗，又172全面介紹了蘇聯種茶的先進技術，對我國茶樹栽培的實踐及理論，都有較大的影響。50年代以前，我國的茶園種植方式幾乎全部為叢式茶園，單產低，管理不便。莊晚芳在該書中指出：“至于發(fā)展新茶園，為了適應機械化，提高生產率，應該盡量采用條式茶園的布置”?，F在我國各茶區(qū)發(fā)展的新茶園基本上都是采用條式茶園的布置。1957年，莊晚芳的另一本關于茶樹栽培的理論著作――《茶樹生物學》出版了。這是我國第一本系統(tǒng)論述茶樹生物學特性的專著。該書對國內外茶學界長期爭論的茶樹原產地問題進行了全面、系統(tǒng)的論證，既批駁了拜爾通（S．Baildon）和勃朗（E．A．Brown）關于茶樹原產印度的觀點；也明確指出科思司徒（Cohen Stuart）“二元論”（注：指茶樹的大葉種和小葉種各有其原產地）的錯誤；進而從野生茶樹狀況、人類利用習慣、栽培歷史以及邊緣植物的分布規(guī)律等方面，科學地推斷“云南是茶樹原產地的中心，四川、貴州、越南、緬甸和泰國北部是原產地的邊緣?！鼻f晚芳的這一提法比吳覺農于1923年在《中華農學會報》上發(fā)表的《茶樹原產地考》更為明確，更加具體。1981年，他又發(fā)表了《茶樹原產于我國何地》的論文，對此作了進一步的論述。大量的調查研究和有關細胞學、生物化學和古生物學的研究資料進一步證明，茶樹原產地在云貴高原的論斷是正確的。該書在論述茶樹原產地和茶樹形態(tài)學的基礎上，重點闡述了茶樹生長發(fā)育的基本規(guī)律，特別對分枝習性、新梢形成和根系發(fā)育及其與茶葉產量的關系，作了較詳細的分析，使茶樹修剪、茶葉采摘和茶園耕作、施肥等技術措施有了較系統(tǒng)的理論依據。它標志著我國茶樹栽培開始從傳統(tǒng)經驗上升到現代科學水平。與此同時，在莊晚芳的主持下，組織了一批年輕教師開展茶樹生物學特性的系統(tǒng)研究。1957年，他發(fā)表了《茶樹根系的研究》一文，這是國內專門研究茶樹根系的學術論文，使茶學界開始扭轉了只重視茶樹地上部分而忽略地下部分的傾向。在1963年召開的中國園藝學會年會上，莊晚芳等發(fā)表了題為《茶樹一些生物學特性的初步觀察》的論文，對茶樹的生長發(fā)育及其與氣候條件的關系作了較深入的探討，引起全國茶學界的重視。1964年8月，《茶葉科學》創(chuàng)刊號發(fā)表了莊晚芳的學術論文――《論茶樹營養(yǎng)特點與茶園管理的綜合技術》。論文首先闡明茶樹的營養(yǎng)生長有如下特點：（1）茶樹營養(yǎng)生長的連續(xù)性；（2）茶樹營養(yǎng)生長與生殖生長有先后但無明顯界限；（3）茶樹有高度適應營養(yǎng)條件的能力；（4）氮、磷、鉀、錳、銅、鐵、鋁、鋅、氟、鋁等為茶樹必需的營養(yǎng)元素。文中指出：“過去栽培上把留葉當作‘養(yǎng)蓬’的重要措施，其實保養(yǎng)根系同樣是不可忽視的，……如果栽培上忽視根系的培育，將是個很大的錯誤?！痹谡劦降彤a茶園改造時，他指出：“特別是水土流失較嚴重，……土是基礎，水是命脈，水土保不住，施肥、耕作也得不到應有的效果，增產更難保證?！彼诳茖W論證茶樹營養(yǎng)特點的基礎上，辯證地分析了茶園土壤管理和茶樹管理各項主要農業(yè)技術措施的作用及其相互關系。這篇論文提出的基本觀點和綜合技術措施，對我國在60年代以后建立的大面積高產穩(wěn)產茶園具有理論上和實踐上的指導作用。在此期間，莊晚芳還就茶葉采摘問題發(fā)表了很多論文。他在總結龍井茶區(qū)采摘經驗的基礎上，借用茶區(qū)普遍流行的茶諺：“割不盡的麻，采不盡的茶”，“頭茶不采，二茶不發(fā)”，“愈采愈發(fā)”，從而提出了著名的茶葉“愈采愈發(fā)”的觀點。盡管他在論文中多次闡明了“愈采愈發(fā)”的涵義及其應具備的條件，可是在“文化大革命”期間，竟被斷章取義，橫加批判?，F在，科學試驗證明，“采”與“發(fā)”存在著密切的相關性。合理采摘既是茶葉的收獲過程，也是提高發(fā)芽密度的有效措施，而且不少茶樹品種還具有“耐采”的特性。這些客觀事實，足以證明他的論點的正確性。1984年，當茶學界隆重集會，慶賀他執(zhí)教50周年的時候，農業(yè)出版社出版了由他主編的新著《茶樹生理》。這部著作，總結了他長期的研究成果，并綜合了國內外的研究進展，成為茶樹栽培學的一部重要理論著作。此外，莊晚芳對茶樹分類的研究，也有較深的造詣。早在50年代中期，他在《茶樹生物學》一書中明確指出，國外的各種茶樹分類法“均不能完全適合我們現有茶樹類型”。60年代初，他提出了將中國茶樹區(qū)分為7個主要類型的意見。1981年，他和劉祖生、陳文懷合作發(fā)表了《論茶樹變種分類》一文，以茶樹的親緣關系、主要特征、特性和地理分布等為依據，綜合多年的研究資料，提出將茶樹劃分為云南、武夷兩個亞種和云南、川黔、皋蘆、阿薩姆、武夷、江南、不孕7個變種。此后，有人通過茶樹細胞學研究，證實上述分類較為客觀。